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    轉錄組-lncRNA測序

    lncRNA測序介紹

    lncRNA(long non-coding RNA)是一類長度超過200nt的ncRNA,通過多種方式在表觀遺傳、轉錄及轉錄后水平發揮調控作用。轉錄組測序在研究mRNA的同時,能夠發現大量的lncRNA,并對其表達水平和轉錄本結構進行分析。當進一步開展lncRNA與mRNA的關聯分析時,就可以深入研究lncRNA的調控網絡。

     

    伯豪優勢

    1. 樣本處理:超過200種樣本的RNA抽提經驗;易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案;
    2. 文庫構建:兼容組織、細胞、FFPE、血漿、外泌體等特殊樣本的建庫能力;
    3. 質控管理:ISO9001認證,Illumina CSPro認證;
    4. 數據分析:學術界權威的算法和流程;針對lncRNA功能的生物信息學預測和數據庫注釋;靈活的定制分析;
    5. 項目成果:協助客戶發在Cancer Cell、Nat Cell Biol、Nat Commun、Nucleic Acids Res等期刊發表多篇高水平論文,影響因子23.214。

     

    技術參數

    1. 樣本類型:total RNA、組織、細胞、FFPE、血漿、外泌體等;
    2. 建庫起始量:total RNA >=2 μg(低至100ng);濃度>=50 ng/ul;
    3. 測序模式:Illumina HiSeq PE150;
    4. 推薦數據量:>=10 Gb/樣本。

     

    服務流程

    實驗設計——樣本取材——RNA抽提——rRNA去除——文庫構建——測序——數據分析

     

    數據分析

    流程圖

     數據分析內容列表

     

    案例展示

    案例一

    肝癌細胞(HCC)經常侵入門靜脈系統并且發展成為門靜脈腫瘤血栓(PVTT)。長臉非編碼RNA是一類不能夠編碼蛋白質,并且長度大于200bp的具有生物學功能的RNA。有研究報道,其對肝癌發生具有重要影響。但是其具體的關聯卻并還沒有詳細的研究。上海伯豪協助清華大學、上海東方肝膽醫院研究人員,通過對20個病人的60個臨床樣本進行RNA-Seq鑒定到了8603個可能的lncRNA。其中917個lncRNA在TCGA數據庫以及發表的肝癌數據庫中有關聯,235個lncRNA存在CNVs和DNA甲基化變化。很多與lncRNA共表達的基因富集在細胞粘著、免疫反應以及代謝過程等通路上。HAND2-AS1還通過RNAi的敲降進行了部分功能研究。因此,可以說研究人員對lncRNA在肝癌的腫瘤發生與轉移過程中提供了有用的資源。
    原文出處:Yang Y, Chen L, Gu J, et al. Recurrently deregulated lncRNAs in hepatocellular carcinoma. Nat Commun. 2017, 8:14421.

     

    案例二

    上海伯豪協助第二軍醫大學揭示lncRNA-PXN-AS1在肝癌中的作用。在本篇論文中,研究人員卻發現,來源于同一個基因的兩條lncRNA(PXN-AS1-L以及PXN-AS1-S)雖然只有一個外顯子的區別,但是卻能夠對其靶基因PXN具有相反的調控作用。并且,PXN同時還是PXN-AS1-L以及PXN-AS1-S反義鏈上轉錄的重要腫瘤相關基因。對PXN-AS1-L和PXN-AS1-S在SMMC-7721細胞系中的過表達發現,PXN-AS1-L過表達可以導致PXN表達量上升。然而,令人意想不到的是,PXN-AS1-S過表達卻導致了PXN表達量下降。通過對這兩個lncRNA的深入分析,研究人員發現PXN-AS1-L是通過結合PXN mRNA的3‘ UTR,保護了PXN mRNA不受miR-24-AGO2復合物降解,從而提高了PXN的表達豐度。與PXN-AS1-L不一樣的是,PXN-AS1-S則通過結合PXN mRNA的CDS區域,抑制了PXN mRNA的翻譯延升,從而抑制PXN蛋白在體內的含量。MBNL3則是通過誘導lncRNA-PXN-AS1的4號外顯子表達,間接的增加PXN的表達豐度。
    原文出處:Yuan JH, Liu XN, Wang TT, et al. The MBNL3 splicing factor promotes hepatocellular carcinoma by increasing PXN expression through the alternative splicing of lncRNA-PXN-AS1. Nat Cell Biol. 2017, 19(7):820-832.

     

    案例三

    上海伯豪攜手上海大學對玉米籽粒發育重要轉錄因子Opaque2進行下游靶標的深入研究。玉米籽粒Opaque2是一個在玉米籽粒發育與營養代謝中起到關鍵作用的bZIP類轉錄因子,然而除了少數靶標之外,Opaque2具體的調控機制還不清楚。該研究中,研究人員通過上海伯豪真核生物全轉錄組/lncRNA測序服務以及ChIP-seq實驗對Opaque2基因的調控模式與下游基因進行了全轉錄組和基因組范圍的研究。研究發現,部分lncRNA在opaque2突變體中表達量發生變化,Opaque2基因對這些差異的lncRNA存在著間接的調控關系。
    原文出處:Li C, Qiao Z, Qi W, et al. Genome-wide characterization of cis-acting DNA targets reveals the transcriptional regulatory framework of opaque2 in maize. Plant Cell. 2015, 27(3):532-45.


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